W 1765 r. przy Trakcie Warszawskim, kilka kilometrów od Aleksandrowa Kujawskiego, powstała drewniana kapliczka pod wezwaniem Matki Boskiej Częstochowskiej. Fundatorem tej niewielkiej, jednonawowej drewnianej budowli był Jan Szymon Dębski, kasztelan brzesko-kujawski. Do 1848 r. (1849 r.) w budynku obok kapliczki zamieszkiwali pustelnicy.
Jak można sądzić, kapliczka z roku 1765 i jej poprzedniczka lub nawet poprzedniczki były kaplicami przydrożnymi, które służyły wsparciem religijnym użytkownikom traktu warszawskiego, wiodącego z Torunia do centrum Królestwa Polskiego i dalej za granicę.
"To oni najwięcej zasilali skarbonkę kapliczną pobożnemi swemi ofiarami"
Dzięki tym datkom powstał bardzo bogaty ołtarz przeniesiony później do Otłoczyna.
Prawdopodobnie już w XVIII w. z tej świątyni korzystali osadnicy z Niderlandów (zwani olędrami), którzy po spolszczeniu przyjmowali wyznanie rzymskokatolickie. Osiedleni we wsi Otłoczyn, z braku własnego kościoła lub kaplicy, korzystali z odległej o ponad 6 kilometrów od swych domostw, kaplicy w Pieczeni. Ciekawostką historyczną było zdarzenie z roku 1866 r., kiedy to kaplica została okradziona w dzień Bożego Narodzenia przez złodzieja Załuszkę, który następnie został ujęty przez władze rosyjskie 13 stycznia 1867 r. W wyniku kradzieży zginęło około 15 talarów oraz 3 obrusy, 2 zwierciadła i medal pozłacany, którego ofiarodawczynią była hrabina Rzeszy Franciszka Nimfa Gaschin Pani na Rosenbergu, z domu hrabina Leszczyc Sumińska (Reichsgräfin Francisca Nymphe von Gaschin Freiin von und zu Rosenberg, geborene Gräfin Leszczyc Sumińska).
W roku 1830 przy Kapliczce z Otłoczyna pochowani zostali powstańcy listopadowi polegli w starciu z przeprawiającymi się przez wiślany bród pod Otłoczynem oddziałami rosyjskimi gen. Iwana Paskiewicza - jednego z najokrutniejszych dowódców armii carskiej, wsławionym zwłaszcza pacyfikacją powstania na Litwie.
W 1849 r. na polecenie pruskiego hrabiego Gaschin właściciela majątku Grabie, rozebrano budynek zamieszkiwany przez zakonników (pochodzenia polskiego). Od tego czasu przy kaplicy nie było pustelników a kapliczka zaczęła niszczeć.
Budynek zamieszkiwany przez pustelników był prawdopodobnie obiektem o konstrukcji zrębowej, przykryty dachem dwuspadowym.
Jakiś czas po wojnie, Kapliczka z Otłoczyna była jeszcze miejscem pielgrzymek z pobliskiego Aleksandrowa i okolicznych wsi. Odbywały się tam również dopusty w trzeci dzień Wielkanocy (kiedyś Święta Wielkanocne obchodzono przez trzy dni, aż do wtorku). Podobno w pobliżu kapliczki mieszkał przez jakiś czas pustelnik, który został obok niej pochowany.
Na tablicy informacyjnej umieszczonej przed ogrodzonym terenem otłoczyńskiej kapliczki w parku w Dziekanowicach napisano, że jest ona darem prymasa Stefana Wyszyńskiego. W internecie można jednak znaleźć informacje, że prymas nie wyraził takiej zgody, a mimo to w latach 70. XX wieku zabytkowy budynek rozebrano i przeniesiono do założonego w roku 1975 parku w Wielkopolsce. Park został oficjalnie otwarty w roku 1982 jako część Muzeum Pierwszych Piastów na Lednicy.
Przy kapliczce zorganizowano lapidarium - płyty nagrobne sprowadzone z różnych miejsc. Oglądać można m.in. płytę poległego w roku 1919 pod Paterkiem koło Nakła nad Notecią w wieku 20 lat Walentego Świercza.
Oryginalnie dach Kapliczki z Otłoczyna nie był pokryty gontem lecz płytkami łupkowymi które pozyskiwane były z okolic Brodnicy gdzie mieściła się kopalnia tego materiału. Tego typu pokrycie dachu było szeroko stosowany ze wglądów przeciwpożarowych. Do tej pory można znaleźć w lesie fragmenty tych płytek.