Mikołaj Kopernik urodził się dnia 19 lutego 1473 roku przy ulicy Świętej Anny w Toruniu (obecnej ulicy Kopernika). Był synem Mikołaja - kupca z Krakowa oraz matki torunianki - Barbary z domu . Został ochrzczony w pobliskim kościele nad chrzcielnicą, którą można jeszcze dzisiaj oglądać. Kopernik posiadał rodzeństwo: starszego brata Andrzeja oraz dwie siostry Barbarę i Katarzynę. Krótko przed śmiercią ojca w 1483 roku rodzina Koperników przeniosła się do kamienicy przy Rynku Staromiejskim.
Edukację rozpoczął w szkole parafialnej, w pobliżu kościoła p.w. św.Jana, gdzie uczył się łaciny, rachunków i śpiewu. Czas dziecięcy i młodzieńczy spędził więc w swym rodzinnym mieście.
W 18 roku życia za sprawą wuja Łukasza Watzenrode Mikołaj Kopernik udał się na studia uniwersyteckie do Krakowa .
Przy wpisie do albumu scholarów Akademii Krakowskiej w 1491 roku immatrykulował się jako "Mikołaj, syn Mikołaja z Torunia". Pamiętał o nim jednak później, chociażby w swoim dziele „O obrotach sfer niebieskich”, podpisując je „Nicolai Copernici Torinensis”. Podobne dopiski występują na innych jego pismach.